Ηλεκτρονικά στην διαδικτυακή εφαρμογή του Μέτρου καταθέτουν οι δικαιούχοι του προγράμματος βιολογικής γεωργίας τα παραστατικά συμμόρφωσης ειδικών διατάξεων.
Σύμφωνα με εγκύκλιο του ΟΠΕΚΕΠΕ, τα παραστατικά αυτά, σύμφωνα με τα Ελληνικά Λογιστικά Πρότυπα είναι για το κόστος των εργαστηριακών αναλύσεων στην περίπτωση που προβλέπεται για τις δράσεις 11.1.1. και 11.2.1 συνοδευόμενα από παραστατικά εξόφλησης, καθώς και για το κόστος πιστοποίησης για τις δράσεις 11.2.1. και 11.2.2 συνοδευόμενα από παραστατικά εξόφλησης.
Επισημαίνεται, ότι για κάθε πρόσκληση και δράση απαιτούνται διακριτά παραστατικά ή εφόσον το παραστατικό είναι κοινό θα πρέπει να υπάρχει ανάλυση της δαπάνης ανά πρόσκληση και δράση είτε στο σώμα του παραστατικού ή σε σχετική βεβαίωση του εκδότη.
Η ανάρτηση των παραστατικών στην διαδικτυακή εφαρμογή πραγματοποιείται ξεχωριστά για κάθε πρόσκληση δράση, και εντός του έτους εφαρμογής από την 1η Φεβρουαρίου έως τις 26 Μαρτίου εκάστου έτους εφαρμογής. Κατ’ εξαίρεση για τους δικαιούχους της 5ης πρόσκλησης και για το έτος 2022 η προθεσμία είναι έως και 26.04.2023. Εφόσον το παραστατικό είναι κοινό για περισσότερες από μια προσκλήσεις/δράσεις, θα πρέπει να αναρτάται σε κάθε επιμέρους πρόσκληση/δράση με προσδιορισμό του επιλέξιμου για τη συγκεκριμένη πρόσκληση/δράση ποσού και το υπόλοιπο ποσό του παραστατικού να καταχωρίζεται με Περιγραφή Είδους «Μη επιλέξιμο Δράσης…» και Τύπο «Μη επιλέξιμο προς ενίσχυση». 
Εξόφληση παραστατικών
Το σύνολο των παραστατικών θα πρέπει να έχουν εκδοθεί και εξοφληθεί στο διάστημα από την ημερομηνία έναρξης του έτους εφαρμογής έως την ημερομηνία κατάθεσης στο Πληροφοριακό Σύστημα που υποστηρίζει το Μέτρο και σε κάθε περίπτωση πριν τη λήξη του έτους εφαρμογής. Σημειώνεται ότι, το παραστατικό θα πρέπει να αναφέρει την περιγραφή: «Για την ενταγμένη εκμετάλλευση στη Δράση …… του Μέτρου 11 του Π.Α.Α. 2014-2020. Έτος Εφαρμογής 2022».
Το σύνολο των παραστατικών θα πρέπει να είναι εξοφλημένα προκειμένου να ληφθούν υπόψη για την επιλεξιμότητα της δαπάνης. Διευκρινίζεται ότι, η δαπάνη που θα ληφθεί υπόψη για την επιλεξιμότητα αφορά στην Καθαρή Αξία του παραστατικού (χωρίς ΦΠΑ). Σε περίπτωση που το ποσό του εκδιδόμενου παραστατικού είναι μεγαλύτερο του εκάστοτε ισχύοντος ορίου εγχρήματης συναλλαγής, σύμφωνα με τα Ελληνικά Λογιστικά Πρότυπα, θα πρέπει επιπλέον να επισυναφθεί και αποδεικτικό/α πληρωμής με τη χρήση κάρτας ή άλλου ηλεκτρονικού μέσου πληρωμής.
Επισημαίνεται πως κατά τη διαδικασία ενδικοφανών προσφυγών πληρωμής οι δικαιούχοι θα μπορούν να διορθώνουν προφανή σφάλματα στα υποβαλλόμενα παραστατικά με την διαδικασία αναθεώρησης των παραστατικών στην οθόνη «Υποβολή Παραστατικών» όπου και έχουν αρχικά υποβληθεί για κάθε δράση/πρόσκληση ξεχωριστά.
