Ο Ιωάννης Ζηζιούλας γεννήθηκε στο χωριό Καταφύγιο της Κοζάνης στις 10 Ιανουαρίου 1931.
Αποφοίτησε από τη Θεολογική Σχολή Αθηνών το 1955. Δίδαξε τη Θεολογία στις Θεολογικές Σχολές Αγίου Βλαδιμήρου Νέας Υόρκης (1961-1963) και Τιμίου Σταυρού Βοστώνης (1963-1964).
Επίσης στα Πανεπιστήμια του Εδιμβούργου και της Γλασκώβης. Καθηγητής όντας της Δογματικής στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης και δύο ημερών Πρεσβύτερος εξελέγη Μητροπολίτης Περγάμου στις 17 Ιουνίου 1986.
Διάκονος χειροτονήθηκε στις 14 Ιουνίου 1986 και Πρεσβύτερος στις 15 Ιουνίου 1986.
Στις 22 Ιουνίου 1986 χειροτονήθηκε Μητροπολίτης Περγάμου και Αδραμυττίου στον Πατριαρχικό ναό του αγίου Γεωργίου, προεξάρχοντος του Μητροπολίτου Μύρων Χρυσοστόμου. Στις 3 Οκτωβρίου 2014 ανυψώθηκε σε Γέροντα Μητροπολίτη.
Το 1993 εξελέγη μέλος της Ακαδημίας Αθηνών και το 2002 διετέλεσε Πρόεδρός της, όντας ο πρώτος Πρόεδρος Κληρικός. Υπήρξε αντιπρόεδρος της επιτροπής Διαλόγου μεταξύ των Ορθόδοξης και της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας, καθώς και Διευθυντής του Γραφείου Εκπροσωπήσεως του Οικουμενικού Πατριαρχείου στην Αθήνα. Εκπροσώπησε το Οικουμενικό Πατριαρχείο σε αρκετές διεθνείς συνελεύσεις. Υπήρξε ακόμη μέλος της Κεντρικής Επιτροπής και της Επιτροπής Πίστεως και Τάξεως του Παγκοσμίου Συμβουλίου Εκκλησιών.
Το έργο του επικεντρώνεται κυρίως στη θεολογία του προσώπου. Ασχολήθηκε, μεταξύ άλλων, με την έννοια του προσώπου στη φιλοσοφία και στους Πατέρες της Εκκλησίας και υποστηρίζει ότι το πρόσωπο είναι η κεντρική έννοια της χριστιανικής οντολογίας, ενώ αναλύει με τον ίδιο τρόπο και την έννοια του τριαδικού Θεού: μία ουσία, τρία πρόσωπα.
